Bitte poste mal den Schaltplan, wie Du die LEDs angeschlossen hast. Dazu kommt, das der Arduino (ich vermute mal ein Mega) auch nur einen maximalen Strom liefern kann. Wie groß sind denn die Widerstände die Du vor den LEDs hast? Der maximale Strom pro Port (A,B,CD..) ist auch begrenzt. Zusätzlich auch noch der Strom der gesamt über GND fliessen darf. Wenn keine LED mehr richtig leuchtet klingt das ein wenig so, als würde die gelieferte Spannung zusammenbrechen.