Grande Astro, così ci leviamo di torno tutte ste cartelle che non ne posso più, anche se credo che comunque il core dobbiamo mantenerlo no? così come il pins_Arduino.h, almeno io che ho la 1.0.1 no?
Va bene, al dunque mi darete le relative istruzioni in modo che si possa sintetizzare al minimo ogni aggiunta all'IDE. 
@ Leo: il mio ragionamento si basava sul nome "optiboot_atmega1284p.hex" e sull'occupazione di memoria (1k), visto che certamente quello della 2009 se ne prende 1,5K e quindi 2k, però mi fido di ciò che dici, ci mancherebbe; ciò che dice Astro conferma i miei dubbi di sempre, sulle temporizzazioni del "dialogo" e ulteriore conferma è che comunque in ogni situazione il tuo 1284 si comporta meglio dei miei :~ Invece non capisco questa cosa della velocità, da sempre io non ho mai fatto caso a questo parametro, più che convinto che venisse bellamente ignorato ed anche in questo frangente ho usato la board di mighty con bootloader 16MHz e ora vedo che il parametro è 115200; poi tu stai parlando di "bootloader standard", ma ti stai riferendo alla versione presente nella cartella "standard"? perché io invece sto usando quello della cartella optiboot, così come previsto dalla board.