Hola Edgar,
El código que has puesto lo que hace es lo siguiente:
Lee el valor (analógico) de lo que haya conectado en la entrada pinpot.
Ese valor es un número entre 0 y 1023.
Luego enciende el led esa cantidad de milisegundos y lo mantiene apagado el mismo tiempo.
El problema es que el PIR que estás usando no es analógico sino digital. En función de como lo hayas conectado al Arduino te dará dos valores distintos según este bloqueado o no, por eso tienes dos velocidades de parpadeo diferente.
Tu no quieres eso, tu lo que quieres es usarlo para mantener encendido o apagado el led según esta el PIR.
Para eso tienes ya un ejemplo en el IDE del Arduino.
Utiliza el ejemplo de File > Examples > Digital > Button tal y como está.
Lo único que tienes que hacer es poner el PIR en el pin Ddigital 2 para que funcione, o cambiar en el sketch de ejemplo el pin que lee.