Despues de postear me di cuenta que la foto del dibujo esta girada, es decir que el achatamiento es en el eje X.
Aca les pongo la imagen que simula el txapucnc, que coincide con el dibujo del inkscape, por lo que asumo que el gcodetools esta andando bien. Ademas reescribi el codigo a mano, usando diferentes ordenes para el mismo circulo y siempre hace igual.
Yo reduciria el problema a dos posibilidades, o el RX tiene un error, probablemente de mi seteo, o el tema de la perdida de pasos del motor del eje X. Sin duda es el que mas calienta, lo cual coincide con su diagnostico, aunque la velocidad que estoy usando es muy baja y en otras pruebas a mucha mas velocidad aun respondia de forma correcta. Voy a ver si alimento a ese motor con 9v para ver como reacciona.
En la foto anterior se ve como los cuadrados y las diagonales las hace perfectas, pero con los arcos o circulos pifia.
Gracias a todos de nuevo!
PD.: El dato de las imagenes me vino al pelo! gracias Terraguea!
