Directamente no es sustituible, ya que la de Arduino tiene otra capa más de abstracción sobre la SdFat para facilitar aún más las cosas en algunas funciones.
Cuando empecé el datalogger que hice, estaba la SdFat y lo hice con esa, luego al sacar la oficial me pasé y fue cosa de cambiar las líneas de inicialización y poco más creo recordar.
En cuanto a los pines, al inicializar la SD le tienes que dar el pin del ChipSelect de la misma, para turnar el acceso al bus SPI.
Ten en cuenta que las shields suelen venir en placas bien hechas y de colores distintos al verde, que lo encarecen bastante, algunas vienen con la adaptación de voltajes bien hecha y no la chapucilla de las resistencias (sin despreciar el trabajo de ElRodri, que yo mismo he hecho lo mismo y funciona pero no es lo ideal) y a veces suelen traer otras cosillas tipo RTC o similar, pero sí, todo lo relacionado con Arduino está al doble de precio de lo que costaría lo mismo en versión "industrial".
Un saludo