En C también puedes acceder a los registros del micro.
Aquí puedes encontrar un buen tutorial sobre los timer de atmel:
http://www.avrfreaks.net/index.php?name=PNphpBB2&file=viewtopic&t=50106
Yo creo que puedes hacer un cronómetro en C. Vaya! no se de que precisión estamos hablando.... 