Aumentar o número de amostragens da média? Fazendo uma pesagem para que as mais recentes tenham um peso maior que as mais antigas.
Ou então, aumentar o período de amostragem...
Podes também arranjar um filtro passa-baixo (encontrei isto na net http://jeroendoggen.github.com/Arduino-signal-filtering-library/) para tentar limpar o ruído de alta frequência.