É, testei aqui, e é assim mesmo.
ele apaga os blinks. Mas o blink.pde, no diretório anterior, que é o que conta, fica intacto.
E testei o upload sem dar reset, e simulei seu erro. Deve ser falta da reset mesmo. Como disse não deve ser falta de nenhum, arquivo.
Tente o reset.
Aliás, suas mensagens de erro não estão completas. Selecione tudo (veja que tem a barra de rolagem), de cimaté embaixo, copie e cole.