Por lo que puedo entender, el problema está en que, igual que en una llamada telefónica, hay que esperar que se "descuelgue" el aparato receptor para establecer la comunicación. En el caso de python-Arduino eso es la llamada
serial.Serial()
Se nota que Arduino parpadea hasta que se establece la comunicación y los envios de datos ya son instantaneos. O sea, siempre que se pida los datos de arduino con
serial.read()
el parpadeo no se efectua por que la comunicación ya está establecida. El problema, creo yo, (si alguien lo puede confirmar será de más ayuda que mis comentarios de newbe) está en hacer la llamada a comunicación
serial.Read()
cada vez que se quieren recuperar los datos de Arduino, entonces es cuando la comunicación tarda un rato en establecerse y se pierden los primeros datos. Por eso lo que propongo es establecer la comunicación serial antes de necesitar el envio de datos y tener siempre disponible la comunicación para no tener que esperar el bootloader, puesto que ya está establecido anteriormente.... no sé si me explico bien o igual me pierdo algo.