La struttura che regge l'asse Z è enorme! in caso di vibrazioni dello spindle il problema si scaricherà sulla base dell'asse che invece mi sembra esigua per sopportare il peso e troppo alta (il legno si flette e l'alluminio, non spesso, anche).
Guarda (tralasciando il resto) questa foto:
http://www.cnc-dag50.it/albums/la_mia_prima_cnc/Dag_1.jpg
la base che in questo caso regge 2 assi è più larga nel punto giusto e tutto il resto è molto più semplice come disegno...
L'alimentatore atx và bene per piccoli motori mentre per motori da 2A in sù è meglio un trafo toroidale di potenza adeguata ed un sacco di elettrolitici (grossi) in parallelo dopo il ponte raddrizzatore, questo semplice setup sopperisce ai picchi di assorbimento dei motori meglio di un alimentatore switching.
Guardate anche il resto del sito di dag, c'è un sacco di roba interessante ed utile 
http://www.cnc-dag50.it