Yo hace tiempo probé otro código ( http://arduino.cc/en/Tutorial/CapacitanceMeter ), muy parecido al tuyo, y me daba un margen de error mucho más grande del 5%, sobre todo contra más pequeño era el condensador 
La otra parte que no me gusto es que se haga la descarga por un pin del arduino, ya que con un transistor o un MOSFET se podría descargar sin poner en peligro el micro.
Un saludo!