avrdude kann auch mit dem Arduino BootLoader reden.
Eclipse ist sicher flexibler als die Arduino-IDE wenn es drum geht, die Umgebung einzurichten und den atmel Assembler in die "toolchain" zu integrieren.
Ein Einführungs-Tutorial: http://horrorcoding.altervista.org/arduino-development-with-eclipse-a-step-by-step-tutorial-to-the-basic-setup/
Ich verstehe aber nicht, was du mit Assembler willst, bevor du dich mit nacktem avr-gcc beschäftigst.
(direkte port- und timer-Manipulation braucht noch keinen Assembler)
Assembler ohne Debugger stelle ich mir noch erheblich frustrierender vor als wenigstens mit Debugger, und das ist schon nur für Masochisten.