Vielleicht zu einfach, aber kann man nicht einfach den Hardware resetknopf mit gnd verbinden, wenn man mit dem Uploaden des Sketches fertig ist??
Das wäre dann genau eine Lötstelle auf dem Arduino selbst die an DigitalPin XY angesteuert wird und via 3-Fuß Transistor dann auf GND gebracht wird 
Gruß Flo