Hola Dpousada
Bueno, y a los demás, aprovecho esta entrada para presentarme 
Yo tuve un problema parecido con motores paso a paso unipolares. La solución fue tan simple como corregir el conexionado de las bobinas. Asegúrate de que están bien conectadas y de que efectivamente te encuentras ante un motor bipolar. Al final del primer enlace que te ha dejado Inizul puedes ver como identificar las bobinas de modo adecuado. Vuelvo a dejar enlace por si acaso.
http://www.todorobot.com.ar/informacion/tutorial%20stepper/stepper-tutorial.htm
Saludos.