Per quanto riguarda il linguaggio di programmazione resta Wiring....
Certo è che se stai partendo da zero con i microcontrollori e devi consegnare il progetto a marzo sarebbe il caso che inizi.... a mio avviso.. poi cè da dire
non possimo dirti prendi questo o quello a priori senza sapere che uso devi farne... è vero che l'arduino normale lavora a freq basse "16Mhz" ma usarlo in tutta la sua potenza è già dura 
voglio dire... è inutile mettere un processore enorme senza poi sfruttarlo a pieno quindi io ti direi comincia dalle basi se non le hai e poi pensaci 