Mi son riletto con calma tutto... si può fare.
Rendendo lo schedulatore non atomico, anche i task che esso gestisce lo diventano. Quando il WDT va in timeout chiama nuovamente la corrispondente ISR. Questa decrementa il conta-timeout e controlla se non siamo arrivati a zero, in caso non rimette ad 1 il flag de WDIE per cui al successivo timeout il watchdog resetta bellamente il micro.
Se siamo invece ancora nella fase "normale", controlla se lo scheduler sta eseguendo un task oppure è libero. Se lo sta eseguendo, esce. Se è libero, ne lancia uno.
Dicevi così?