O PIC que falas é semelhante a um arduino... que componentes meteste nesse circuito?
12V queima ambos os chips (AVR e PIC).
O programa que usaste no PIC também serve (conceptualmente) no Arduino. É só adaptar as funções... até deve ser mais simples no Arduino.
Duvido que funcione com PWM... pelo que li, esses dispositivos têm ligado a eles um sensor de rotações do eixo e isso é um sinal modulado em frequência e não em duty cycle como o PWM.
Tens o esquema do circuito que montaste com a PIC?