Precisando.
Per caricare uno Sketch su un ATmega c'é la necessitá che abbia caricato un bootloader e settato i fuse in modo giusto.
Caricare un bootloader su un ATmega vergine oppure per caricare un Sketch o per settare i fuse puoi farlo con con un programmatore ISP. C'é lo sketch per far diventare un Arduino un programmatore ISP. Puoi usare anche un programmatore come quello suggerito.
Ciao Uwe