Creo que ahora comprendo lo que pretendes. No usas el ordenador para enviar las órdenes, usas una placa Arduino. El problema, por lo que sé es que para poder usar un Arduino como "modem" emisor de órdenes hay que quitar el chip ATMega, con lo cual no puedes programar nada, pues la placa Arduino se convierte en una simple pasarela.
De todas formas, ahora que lo pienso, nosotros leemos los datos que nos envían las placas sobre los valores de los sensores... puede ser que te pueda proponer una solución. Dame un poco de tiempo y te comento algo (casi seguro que te puedo enviar una solución pues un error que teníamos se debía a que una instrucción con el valor de un sensor "interfería" en las señales de los actuadores por ser demasiado parecida.