Timer 1 usato due volte in modi diversi

Si ma questo lo faccio già: quando il timer arriva al valore va nella ISR e la prima cosa che faccio è di alzare il pin 4...

Il software così funziona ma mi piacerebbe contare la width dell'impulso prima di alzare quel benedetto pin. Cioè, arriva l'impulso in ingresso, conto la width e dopo metto il valore in OCR1A in base a width (lo prendo da un array), il timer conta e quando ha finito alzo il pin 4.