Desconozco si hay un simulador. Pero puedo hablarte de un proyecto de integración de los Arduinos http://arduino.cc/ (en nuestro caso las Arduclemas http://www.ray-ie.com/webray_011.htm) con un recién liberado proyecto denominado MyOpenLab http://www.myopenlab.de/.
De momento MyOpenLab ya puede comunicar con las placas Arduclemas (Arduinos) vía interface serie. Lo siguiente que nos hemos propuesto es poder utilizar MyOpenLab como programador de las Arduclemas. El código resultante de MyOpenLab es Java. La solución que hemos elegido, y que vamos a intentar implementar, es crear una pequeña máquina virtual Java en el micro atmega168 y prepararla para que reciba los bitcodes del programa 'dibujado' en MyOpenLab. De esta manera se hace muy intuitiva la programación, ya que se realiza gráficamente y por otro lado se pueden probar los programas (simulación) antes de cargarlos en la Arduclema.
Hemos preparado una forja de software en BerliOS para desarrollar este proyecto de integración. Estás invitado a participar. 
Un saludo.
Juan.ma (cOLe).
Donde pongo Arduclemas digo Arduino(tm). Donde pongo Arduino(tm) digo Arduclema.