Avec des encodeur à effet Hall tu ne devrais normalement pas avoir de rebonds.
La liaison de masse entre les capteurs et l'arduino est-elle bonne?
Les niveaux en sortie de l'encodeur sont-ils corrects :
niveau 0 < à 1,5V
niveau 1 > à 3V
L'alimentation de ton 74HC74 est-elle de bonne qualité?
As-tu placé un condensateur de découplage sur les bornes d'alimentation du 74HC74?