Giorgio:
Non voglio complicarmi la vita,diciamo che questa sarebbe la soluzione meno complicata per evitare di dover premere un pulsante e resettare il modulo per caricare lo sketch..
Non devi resettare nulla, ci pensa l'IDE ad attivare l'autoreset quando trasferisci lo sketch, in pratica non devi fare altro che collegare l'usb, premere il pulsante e fare l'upload dello sketch dall'IDE.
Non appena parte l'upload puoi rilasciare il pulsante.
Non ultimo non conosco la sintassi per leggere lo stato di un bottone all'interno del bootloader
Ho chiaro quale parte saltare, ma come leggo lo stato?
Il mio bottone è il PIN22 che dovrebbe corrispondere a PA0 (AD0) sull'atmel.
Se non hai fretta nel tardo pomeriggio ti posto il bootloader già modificato per partire tenendo premuto un pulsante su PA0, mi devi solo dire se il pulsante chiude a GND, in questo caso devi avere una R di pull down sulla scheda, o VDD, in questo caso se è già presente una pull up sulla scheda oppure devo attivare quella del GPIO utilizzato.