Hallo Jens,
leider ist mir immer noch nicht klar, was du wie auf welchem Board flashst:
"dass ich die Kiste wieder über den USB Port auf dem Arduino Board flashen kann" - hast du den Atmega2560 Chip auf die Arduino Platine aufgelötet ?
Was ist für dich "die Kiste", ich bin normal nicht pingelig, wenn es um eine laxe Ausdrucksweise geht, aber wenn ich helfen soll, muss ich dich verstehen.
Beschreibe doch mal die Beschaltung auf deiner Eigenbauplatine. Hast du einen Schaltplan oder ein Layout? Eventuell helfen auch Fotos von deinem Aufbau.
Ein neuer, also komplett leerer Atmega2560 hat im Auslieferungszustand Fusesettings, die kannst du unter AVR® Fuse Calculator – The Engbedded Blog nachschauen. Z.B. ist der Chip auf seinen internen RC-Oszillator mit einem Teiler von 8 eingestellt und schwingt damit bei 1MHz (und nicht bei 16MHz wie der Arduino Mega). Bei deinem Blink Sketch musst du das berücksichtigen.
Die Fuses unter Windows auszulesen ist etwas schwierig, da man avrdude aus der Kommandozeile starten muss.
Konntest du mit dem DIAMEX als Programmer eigentlich irgendwann mal aus der IDE irgendein Board erfolgreich flashen?
Gruß
Reinhard