Opa eu também já testei, não funciona. Deve ser mesmo uma limitação de hardware pois no próprio exemplo do multitone diz que não é possível tocar mais de uma nota ao mesmo tempo.
Depois de ver o depoimento do AlxDroidDev, acredito que seja possível fazer apenas no MEGA2560 pois ele deve ter uma capacidade de processamento maior para conseguir gerar mais de um tom ao mesmo tempo.