Eu pensei nisso, em achar uma media entre as frequêcias e gerar uma única nota, mas a sonoridade é diferente, quando você toca um acorde consegue identificar as notas contidas nele. A única forma é tocando mesmo em dois ou mais, uma frequência única não dá esse efeito.
Eu tentei em todas as portas, não consegui. Será que não é uma limitação do hardware? O processador não consegue pensar em todas as informações juntas no Arduino UNO e privilegia a primeira saida utilizada?