Onestamente mi vien da suggerirti la "concorrenza" (finché non esce Arduino Leonardo), e cioè di utilizzare un teensy, che offre nativamente la possibilità di emulare la tastiera senza quindi la necessità di scrivere un software per il computer.
L'unica cosa che si deve riuscire a fare è decodificare il morse ricevuto da un input (pulsante, fotoresistenza, levetta) ed inviare il carattere corretto.
A questo indirizzo trovi un esempio di utilizzo:
http://www.pjrc.com/teensy/usb_keyboard.html