Sconsigliabile non significa vietato, altrimenti quei due pin non sarebbero definiti come pin digitali PD0 e PD1. Li puoi usare se non pensi di usare il serial monitor, p.es. Cioè se il tuo sketch non fa uso della comunicazione seriale puoi farne ciò che vuoi di questi pin. Una sola accortezza, che vale però soprattutto per quando si usano come seriali: non conviene mai fargli compiere attività ad inizio sketch, in molti casi è successo che questa cosa abbia impedito all'IDE di comunicare con il micro per una successiva programmazione; la soluzione esiste ma è piuttosto fastidiosa, quindi un po' di attenzione non guasta.