Proyecto funciona en Nano y no en Pro Mini

El pro mini es un ATMEGA128

Overview

The Arduino Pro Mini is a microcontroller board based on the ATmega168 (datasheet). It has 14 digital input/output pins (of which 6 can be used as PWM outputs), 8 analog inputs, an on-board resonator, a reset button, and holes for mounting pin headers. A six pin header can be connected to an FTDI cable or Sparkfun breakout board to provide USB power and communication to the board.

Otra pagina de Arduino.cc dice:

Otra pagina en este mismo blog dice: Arduino Pro Mini

For the 3.3V versions of the Arduino Pro Mini, select Arduino Pro or Pro Mini (3.3V, 8 MHz) w/ ATmega328 or Arduino Pro or Pro Mini (3.3V, 8 MHz) w/ ATmega168 from the Tools > Board menu (depending on the microcontroller on your board). For the 5V versions of the Arduino Pro Mini, select Arduino Duemilanove or Nano w/ ATmega328 or Arduino Diecimila, Duemilanove, or Nano w/ ATmega168.

El Arduino Pro Mini de Spakrfun es un ATMEGA328 pero lo promocionan como Arduino Pro Mini 328 lo que nos habla que es otro producto.
Y no es por ganarla pero si en el IDE aparecen ambos es porque no es ni una cosa ni la otra.
Evidentemente era un ATMEGA128 y hoy es un ATMEGA328.