DUE PWM Frequency

Hardware Arduino Due
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Okay. So I figured out why it dosen't work if you set the register. It turns out that not all the pwm pins is actually pwm pin, some are timer pins. So for example doing:
'PWM->PWM_CLK = 0b00001010111111110000101011111111;'
Works for pin 6, but not pin 2. (Tho you need to do it after every analogWrite as analogWrite insist on the 1k freq)
Another easier way to change the freq is to do:
'PWMC_ConfigureClocks(whatever_freq_you_want * 255 , 0, VARIANT_MCK);'

From variants.cpp:

  ....
  .... 
  // 0 .. 53 - Digital pins
  // ----------------------
  // 0/1 - UART (Serial)
  { PIOA, PIO_PA8A_URXD,     ID_PIOA, PIO_PERIPH_A, PIO_DEFAULT,  PIN_ATTR_DIGITAL,                 NO_ADC, NO_ADC, NOT_ON_PWM,  NOT_ON_TIMER }, // URXD
  { PIOA, PIO_PA9A_UTXD,     ID_PIOA, PIO_PERIPH_A, PIO_DEFAULT,  PIN_ATTR_DIGITAL,                 NO_ADC, NO_ADC, NOT_ON_PWM,  NOT_ON_TIMER }, // UTXD

  // 2
  { PIOB, PIO_PB25B_TIOA0,   ID_PIOB, PIO_PERIPH_B, PIO_DEFAULT, (PIN_ATTR_DIGITAL|PIN_ATTR_TIMER), NO_ADC, NO_ADC, NOT_ON_PWM,  TC0_CHA0     }, // TIOA0
  { PIOC, PIO_PC28B_TIOA7,   ID_PIOC, PIO_PERIPH_B, PIO_DEFAULT, (PIN_ATTR_DIGITAL|PIN_ATTR_TIMER), NO_ADC, NO_ADC, NOT_ON_PWM,  TC2_CHA7     }, // TIOA7
  { PIOC, PIO_PC26B_TIOB6,   ID_PIOC, PIO_PERIPH_B, PIO_DEFAULT, (PIN_ATTR_DIGITAL|PIN_ATTR_TIMER), NO_ADC, NO_ADC, NOT_ON_PWM,  TC2_CHB6     }, // TIOB6

  // 5
  { PIOC, PIO_PC25B_TIOA6,   ID_PIOC, PIO_PERIPH_B, PIO_DEFAULT, (PIN_ATTR_DIGITAL|PIN_ATTR_TIMER), NO_ADC, NO_ADC, NOT_ON_PWM,  TC2_CHA6     }, // TIOA6
  { PIOC, PIO_PC24B_PWML7,   ID_PIOC, PIO_PERIPH_B, PIO_DEFAULT, (PIN_ATTR_DIGITAL|PIN_ATTR_PWM),   NO_ADC, NO_ADC, PWM_CH7,     NOT_ON_TIMER }, // PWML7
  { PIOC, PIO_PC23B_PWML6,   ID_PIOC, PIO_PERIPH_B, PIO_DEFAULT, (PIN_ATTR_DIGITAL|PIN_ATTR_PWM),   NO_ADC, NO_ADC, PWM_CH6,     NOT_ON_TIMER }, // PWML6
  { PIOC, PIO_PC22B_PWML5,   ID_PIOC, PIO_PERIPH_B, PIO_DEFAULT, (PIN_ATTR_DIGITAL|PIN_ATTR_PWM),   NO_ADC, NO_ADC, PWM_CH5,     NOT_ON_TIMER }, // PWML5
  { PIOC, PIO_PC21B_PWML4,   ID_PIOC, PIO_PERIPH_B, PIO_DEFAULT, (PIN_ATTR_DIGITAL|PIN_ATTR_PWM),   NO_ADC, NO_ADC, PWM_CH4,     NOT_ON_TIMER }, // PWML4
  // 10
  { PIOC, PIO_PC29B_TIOB7,   ID_PIOC, PIO_PERIPH_B, PIO_DEFAULT, (PIN_ATTR_DIGITAL|PIN_ATTR_TIMER), NO_ADC, NO_ADC, NOT_ON_PWM,  TC2_CHB7     }, // TIOB7
  { PIOD, PIO_PD7B_TIOA8,    ID_PIOD, PIO_PERIPH_B, PIO_DEFAULT, (PIN_ATTR_DIGITAL|PIN_ATTR_TIMER), NO_ADC, NO_ADC, NOT_ON_PWM,  TC2_CHA8     }, // TIOA8
  { PIOD, PIO_PD8B_TIOB8,    ID_PIOD, PIO_PERIPH_B, PIO_DEFAULT, (PIN_ATTR_DIGITAL|PIN_ATTR_TIMER), NO_ADC, NO_ADC, NOT_ON_PWM,  TC2_CHB8     }, // TIOB8

  // 13 - AMBER LED
  { PIOB, PIO_PB27B_TIOB0,   ID_PIOB, PIO_PERIPH_B, PIO_DEFAULT, (PIN_ATTR_DIGITAL|PIN_ATTR_TIMER), NO_ADC, NO_ADC, NOT_ON_PWM,  TC0_CHB0     }, // TIOB0

  // 14/15 - USART3 (Serial3)
  { PIOD, PIO_PD4B_TXD3,     ID_PIOD, PIO_PERIPH_B, PIO_DEFAULT, PIN_ATTR_DIGITAL,                  NO_ADC, NO_ADC, NOT_ON_PWM,  NOT_ON_TIMER }, // TXD3
  { PIOD, PIO_PD5B_RXD3,     ID_PIOD, PIO_PERIPH_B, PIO_DEFAULT, PIN_ATTR_DIGITAL,                  NO_ADC, NO_ADC, NOT_ON_PWM,  NOT_ON_TIMER }, // RXD3
   ....
   ....

As you can see only pin 6, 7, 8 and 9 is a PWM_CH pin.
You can surely change the freq on the timer pins too but I'm too tired to dig into that.

I'd say that the analogWrite need to be changed so that it allows easier change of the freq.

Edit:
If you don't want to set the freq for every analogWrite you could use 'PWMC_SetDutyCycle(PWM_INTERFACE, PWM_CH7, your_analog_write_value);' instead.
So a fading led sketch with 4k pwm freq on pin 6 would be:

void setup()  { 
  pinMode(6, OUTPUT);
  analogWrite(6, 64);
  PWMC_ConfigureClocks(4000 * PWM_MAX_DUTY_CYCLE , 0, VARIANT_MCK);
} 

void loop()  { 
        for (int i = 0; i < 253; i++) {
            PWMC_SetDutyCycle(PWM_INTERFACE, PWM_CH7, i);
            delay(10);
	}
	for (int i = 255; i > 1; i--) {
            PWMC_SetDutyCycle(PWM_INTERFACE, PWM_CH7, i);
            delay(10);
	}                
}