No hace falta que las tengas siempre abiertas, puedes cerrar las válvulas manualmente.
Y por lo de la inundación no entiendo tu preocupación, lo peor que te puede pasar es que no cierre una válvula y la calefacción te caliente una habitación que no quieres.
Respecto al cableado... Pues ya te comenté que era la parte mas dificil.
Yo casi optaba por la primera opción que te dí. Luego puedes decirle al arduino que habitaciones no tienes ocupadas para que no promedien, o montar detectores de presencia... Ya sabes... empiezas a imaginar y no acabas nunca