Outra alternativa caso nao consigas carregar lhe o bootloader é passares a usar um programador ISP e programas directo.Se procurares no ebay encontras o USBtiny ISP barato e dá sempre jeito ter a mao para tambem poderes tentar outros compiladores que nao a IDE do arduino.
Claro esta que é um romendo mas ve do lado positivo alargas os teus conhecimentos com o avrdude e passas a conhecer outras formas de programares o avr.Gosto muito do IDE do arduino mas gosto inda mais perceber o que esta por detras da IDE.
Outra vantagem em ignorares o bootloader é quando o avr recebe a alimentaçao esta logo a correr o programa que la gravaste nao havendo um delay inicial que se nota com o bootloader.
Bubulindo obrigado por essa info defacto nao sabia disso 