Que é que o teu software está a fazer?
Utilizas algum dos pinos analógicos nesse projecto (como pinos analógicos, ou seja usando a função analogRead)??
O que acontece é que o conversor analógico-digital converte tensões usando um nível de tensão como comparação. Ou seja, quando colocas apenas 1.1V de tensão como tensão de referência, apenas consegues ler até 1.1V. Se tiveres 3 ou 5V nas entradas analógicas, o valor que é retornado é o equivalente a 1.1V. Daí ter perguntado se estás a usar os pinos analógicos do Arduino já que isso vai interferir com eles.
Em vez de programares como aparece naquele exemplo, podes fazer assim:
analogReference(INTERNAL1V1);
Se quiseres, tens aqui mais informação na página própria do arduino. Infelizmente eles não mapearam o sensor interno de temperatura para poderes usar o analogRead().