De bootloader is een programma dat het makkelijk maakt om een programma op je arduino te plaatsen.
De bootloader neemt plaats en geheugen. Als je een AVR ISP of een Arduino ISP hebt kan je daarmee je sketch rechtstreeks op de Arduino zetten.
Ikzelf heb het nog nooit gedaan (maar iemand anders heeft het wel voor mij gedaan) het komt er op neer om de juiste Avrdude commando's door te sturen. Voor zover ik begrepen heb is "zonder bootloader" de "normale" manier van werken in het AVR wereldje.
Met vriendelijke groet
Jantje