Hallo,
das wundert mich jetzt wirklich. Meine gekaufte Lüftersteuerrung "T-Balancer" arbeitet mit ca. 140Hz PWM einwandfrei.
Habe mal bei Intel nachgeschaut was die für Ihre 4Pin Lüftersteuerung vorschreiben ... Tatsache ebenfalls 25kHz.
Naja, je höher die Frequenz um so mehr sieht es für den angeschlossenen Verbraucher nach Gleichspannung aus. 
Mich würde jetzt interessieren, ob man bei höherer Frequenz dann noch genauso gut gegen 0 regeln kann? Laut dem Dokument soll man nicht unter 15% gehen. Die Periodendauer ist bei 500Hz 2ms lang und bei 25kHz nur noch 40µs. Ich meine bei einer 8Bit Auflösung entpricht PWM 1 bei 500Hz noch 8µs und bei 25kHz nur noch 157ns. Recht kurzer Impuls.
Ihr werdet das schon richtig machen.