Problema USB Arduino Mega 2560 rev3

Salve a tutti.

Da un po' di gironi a questa parte mi risulta impossibile aggiornare gli scketch attraverso la porta usb del mio Arduino Mega 2560 R3.
Ogni volta che provo a eseguire l'upload dello skecth la IDE (1.0.2) mi rimanda questo errore :

Dimensione del file binario dello sketch: 1.632 bytes (su un massimo di 258.048 bytes)
avrdude: stk500v2_ReceiveMessage(): timeout
avrdude: stk500v2_ReceiveMessage(): timeout
avrdude: stk500v2_ReceiveMessage(): timeout
avrdude: stk500v2_ReceiveMessage(): timeout
avrdude: stk500v2_ReceiveMessage(): timeout
avrdude: stk500v2_ReceiveMessage(): timeout
avrdude: stk500v2_getsync(): timeout communicating with programmer

Se, invece, provo a inviare lo sketch attraverso un Arduino 2009 senza ATMEGA, un USB-UART o anche un Arduino2Serial Converter, lo sketch viene accettato e funziona normalmente.
Per questo motivo ho pensato di aggiornare il firmware del Atmega16u2, ma risulta impossibile avviarlo nella modalità dfu.
Inoltre, quando l'aruino viene collegato al pc (windows XP sp3 x86) questi riconosce la scheda gli associa anche una porta COM.

Ho provato anche con altri computer e sistemi operativi: Mac OS X, LINUX Ubuntu.

Visto che la maodalità DFU non si attiva, esiste un modo per riprogrammare la 16u2 attraverso l'ISP?

Si puoi caricare il firmware del 16u2 tramite ISP, sulla MEGA2560 r3 è già presente il relativo connettore, è quello a 6 poli (3x2) che si trova subito sotto il connettore dei pin in alto a sinistra.
Devi usare il file "Arduino-COMBINED-dfu-usbserial-atmega16u2-Mega2560-Rev3.hex" che si trova nella cartella "..\arduino-1.0.1\hardware\arduino\firmwares", per la procedura segui la guida di Menniti.
Tieni presente che è molto improbabile che sia un problema di natura software visto che il 16u2 viene riconosciuto dal pc, è più probabile un problema di natura hardware, però tentare non nuoce quindi procedi pure alla riprogrammazione del micro.
Per quanto riguarda la modalità DFU sei certo di aver seguito la corretta procedura ?

Hai impostato la scheda giusta nel IDE?
Ciao Uwe

Non sono sicuro di aver seguito la giusta procedura per la DFU in quanto non ho trovato un tutorial o una guida relativa alla Mega rev3, sapreste dirmi quali pin (oltre il ponte reset e gnd della porta ISP della 16u2) si devono congingere in tale scheda?
Comunque sia ho impostato nell'ide: Arduino Mega 2560 or ADK

Non capisco la Tua domanda.
La Arduino Mega 2560 rev3 ha giá tutto collegato basta collegarla con la usb al PC.
Se non l' hai fatto devi installare il driver vedi http://arduino.cc/en/Guide/HomePage e scegli il SO che hai. Per Windows il driver giusto é "Arduino MEGA 2560 REV3.inf"

Devi settare nel menu tool/board del IDE il Arduino Mega.
Ciao Uwe

Lo so che è già tutto collegato, ma la comunicazione non funziona attraverso la porta USB presente sulla Mega.
Se utilizzo un cavo FTDI o un USB-TTL non ho problemi a comunicare con l'ATMEGA2560.