Il leOS usa il timer2 sull'Atmega328 per cui non puoi usare un'altra libreria che ne fa uso.
Vedo dalle righe di codice che hai postato che lo sketch lo modificava per cui era normale che andassero in conflitto.
Puoi in alternativa utilizzare il timer 1 impostato per generare un segnale PWM a 38 kHz.
PS:
grazie per i complimenti sul leOS, lo uso parecchio anche io perché mi semplifica tanti compiti banali 