Assumindo que estás a usar Linux (e sendo eu tudo menos um perito em Linux), não tens de seguir o processo normal do Linux (Posix???) e abrir o "ficheiro" correspondente à porta série e escrever para lá?
Em Windows e C++, admito que deve ser uma merda sem teres os drivers (incluídos nesses 20Gb) para a comunicação série. Antigamente com as portas RS232 era apenas declarar um apontador para o 0x378 (ou algo similar) e estava a andar de mota, com as novas versões do Windows e USB, sinceramente não sei.
Em tempos este site era bom para comunicações... agora está um pouco mudado, mas vejo que ainda tem muita informação.
http://www.lvr.com/serport.htm
Tens aqui um pouco mais de info:
http://www.tldp.org/HOWTO/Serial-Programming-HOWTO/x56.html#AEN69
Easy Software Products <- o meu favorito
Finalmente, para comunicares em Java, podes usar a libraria do Arduino.