Moteur avec Mega

ATMega
Comme tu ne nous a pas exposé l'ensemble de ton projet on ne peut rien dire.
Si c'est juste pour faire tourner un moteur la version UNO suffit et elle est moins chère.

Mais qu'est-ce que tu as d'autre en tête ???
Auras-tu besoin de beaucoup d'autres entrées/sorties ?
Un projet bien réfléchi et bien exposé est à moitié résolu, c'est important d'avoir une vue d'ensemble et de procéder par étapes.

Pour faire tourner des moteurs il y a plein d'exemples sur le playground Arduino ou sur http://www.mon-club-elec.fr/
Bien lire les deux tropics : "Réglement du forum" et "Le guide Arduino"

Arduino Motor Shield Rev3
Je ne connais pas. Ca fait quoi ?
Un lien pour éventuellement consulter la doc serait loin d'être inutile. Ici personne ne connaît l'intégralité des cartes "shield" pour Arduino.