Il chip SAM3X usato sulla Due costa meno dell'Atmega2560. Ciò si ripercuote anche sul costo finale della scheda.
Comunque sono schede posizionate in 2 fasce di mercato differenti. La MEGA2560 è una scheda basata su un chip ad 8 bit ed è tollerante ai 5V mentre la DUE è una scheda con un chip a 32 bit per impieghi computazionalmente gravosi e tollera i 3,3V.