beh ragazzi mi dispiace ma..
FUNZIONA XD
mi dispiace perchè ora dovrete darmi una mano col coding 
ho solo 2 giorni per avere un primo ide completo per funzionare con arduino UNO e 2009.
la stringa da usare è:
avrdude -C/sdcard/avrdude.conf -pm328p -cstk500v1 -P/dev/ttyUSB0 -Uflash:w:/sdcard/blink.hex
o almeno è quella che ho usato per la programmazione.
quindi salvata questa bisogna prendere la riga di compilazione
avr-gcc -c -mmcu=atmega328P -I. -gdwarf-2 -DF_CPU=1600000UL -Os -funsigned-char -f unsigned-bitfields -fpack-struct -fshort-enums -Wall -Wstrict-prototypes -W undef-Wa,-adhlns=obj/main.lst -std=gnu99 -Wundef -MD -MP -MF .dep/main.o.d main.c -o obj/main.o
avr-gcc -mmcu=atmega328P -I. -gdwarf-2 -DF_CPU=1600000UL -Os -funsigned-char -funsigned-bitfields -fpack-struct -fshort-enums -Wall -Wstrict-prototypes -Wundef -Wa,-adhlns=obj/main.o -std=gnu99 -Wundef -MD -MP -MF .dep/main.elf.d obj/main.o --output main.elf -Wl,-Map=main.map,--cref -lm
avr-objcopy -O ihex -R .eeprom main.elf main.hex
(questa l'ho copiata quindi va verificata)
però prima della compilazione vanno inclusi i files di core di arduino, quindi la cosa migliore e magari fare un "campo nascosto" all'inizio e salvare il file da compilare come l'unione di questo campo nascosto e ciò che digita l'utente