O non ho capito la domanda oppure sotto sotto c'è un trucco 
Il connettore ICSP raggruppa in un unico connettore i pin per la programmazione ISP che sono sparsi a giro per la scheda. Nella tua guida hai usato il connettore ICSP per prendere tutti i segnali (a parte il reset) da spedire al chip in standalone ma puoi fare anche l'inverso, ossia puoi usare quel connettore per programmare l'Atmega328 della scheda usando un programmatore esterno (io ci ho agganciato il mio USBtinyISP quando ho flashato il bootloader), oppure agganciarci qualcosa (vedi Ethernet) che comunica tramite SPI.