Ese código mide muchísimo menos de 1 MHz.... como te he puesto, sin cambiar los registros del micro, sólo la conversión ya le cuesta un rato (16Mhz/128 y 13 ciclos)....
Luego cuenta con el teorema de Nyquist para saber cual es el máximo que puedes capturar.... Por no decir, que si es una onda cuadrada lo que quieres medir, será menor la frecuencia ...
Lo mejor para hacer un frecuencímetro sería usar timer y/o interrupciones (con una entrada digital).
Saludos
Igor R.