per SUBSEA:
no, il pull down devi farlo esterno poiché non esistono resistori interni verso massa.
per allo90:
da quanto leggo hai optato per un riferimento esterno quindi Aref lo hai collegato a +3.3V. Hai usato la stessa alimentazione anche per il MIC, seguendo lo schema che hai postato.
Forse 220nF sono pochi: prova ad usare un elettrolitico da 10?F