usare direttamente i pin arduino ha lo svantaggio che lo friggi; devi usare dei mosfet o simili per amplificare la potenza del segnale arduino.
Fatto ciò, nulla ti vieta di creare i 3 segnali con arduino al posto che usando l'apposito integrato; anzi negli ESC da modellismo che ho a casa per motori BL, all'interno c'è proprio un atmega, anche se non il 328p (ma una versione più "castrata" e quindi economica) e in versione SMD