Mortis:
Como o bubulindo questionou e Hugo confirmou, só vai funcionar sem o cristal se estiver com os fuses para o clock interno, alguns atmegas já vem com bootloader e os fuses configurados para o clock externo, sendo necessário o cristal.
Não... se o processador estiver configurado para usar o cristal interno, então pode ter condensadores e cristal exterior ligado que não faz mal nenhum.
Eu referi isto porque assim de cabeça não sei como é que o AVR vem configurado de fábrica. Eu arriscaria que está a correr com o cristal interno de 8MHz, mas não sei.
Pode haver também a possibilidade de alguém ter lá gravado o bootloader... não sabemos onde o chip foi comprado, né?
O pull-up no reset é bem visto... eu não tinha visto esse pull-up nos esquemas do Arduino ISP, mas isso é porque a resistência já está dentro do Arduino.