Il timer 1 in modalità Input Capture Unit lavora col pin ICP1 (pin D8 dell'Arduino) o con l'ADC per cui se la scheda è già fatta, allora non si può lavorare con esso.
Intanto bisognerebbe che tu postassi il codice che stai usando, almeno vediamo di analizzare su cosa stai lavorando e capire la logica che vuoi applicare