Me da a mi que igual saturas el puerto serie.
0,2 segundos o sea 200ms ¿a que velocidad serie esta?
Por el hardware del arduino no tiene pinta ni creo que te falle, yo tengo un sistema montado con un mega y actualmente con un simple diecimila 328 conectado 24/7 desde primeros del 2011 y no ha fallado nunca en lectura del serie ni del terminal serie-USB.
Opino eso, saturacion del serie.