Lá está... e se reparares, consegues gerar vários sinais PWM com as portas do ATmega328... suficientes, diria eu para gerar um acorde. Logo, apesar de conseguires mais "tons" no mega2560, o mega328 também serve para provar o que pretendes.
Experimenta ver como funcionam os timers e saídas de PWM e vais chegar lá. 