Du solltest die Datei nach jedem Schreiben schliessen, wenn du nur von Zeit zu Zeit schreibst und zwischendurch eventuell die Karte rausnimmst.
Beim SD.open("MYFILE.TXT", FILE_WRITE); solltest du einen Fehler kriegen, wenn keine Karte drin ist.
Danach SD.begin() jede Minute (oder häufiger, nach Geschmack) wiederholen, bis die Karte wieder drin ist.
Falls erforderlich, kann ich heute abend mal wühlen, was ich brauchte, damit SD.begin() nachträglich / mehrfach geht. Ich denke da war was ...